طراحی سازه "مگامال" با توجه به حساسیت خاص آن و عمومی بودن ساختمان به 8 زون مختلف تقسیم شده و از بهترین سیستم های اجرایی و پیشرفته ترین نرم افزارهای طراحی با آخرین استانداردها در آن استفاده شده است. با توجه به نیاز بخش معماری به سازه خاص دارای دهانه های بزرگ، سازه طراحی شده برای "مگامال" با اسکلت فولادی و اتصالات گیردار طراحی شده و مورد تایید متخصصین قرار گرفته است، در این طراحی با توجه به تعداد و حجم زیاد پارکینگ ها، ساختمان که دهانه های بزرگ 8 ×10 متر با ارتفاع 6 متری در هر طبقه طراحی شده بود و ملحوظ داشتن محاسبات نیروی زلزله و باد و بارگذاری طبقات، نیاز به محاسبات بسیار دقیق و خاصی داشت که به دقت مورد توجه طراحان سازه قرار گرفته است. با درنظر گرفتن عمق خاکبرداری که در مواردی به 16 متر می رسد نیاز به طراحی دیوارهای برشی برای مهار نیروهای حاصله از فشار خاک در حالت سکون و همچنین نیروهای فشار هنگام زلزله بوده، که این مهم در کل سازه منظور شده است. از دیگر نوآوری های سازه ای این پروژه در طراحی می توان به نوع اتصالات stub اشاره کرد که به منظور حصول گیرداری لازم و انتقال معضل پلاستیک به تیر انتخاب شده است که در طراحی stub ها، سهولت نصب در کوتاه ترین زمان ممکن نیز درنظر گرفته شده است. سقف سازه به صورت کامپوزیت طراحی شده و به منظور کاهش مصرف فولاد ساختمان، فاصله های Joist ها، 33/3 متر یعنی در هر دهانه دو Joist درنظر گرفته شده است. پی سازه با درنظر گرفتن مقاومت خاک و حجم بارگذاری ساختمان به صورت گسترده با ضخامت 100 الی 180 سانتیمتر نسبت به طبقات هر قسمت طراحی شده است.
ساختمان مگامال در زون های 3 و 6 با توجه به نیاز معماری با سازه ای کاملاً متفاوت طراحی و اجرا شده است؛ در این دو بخش از اسکلت بتنی با سقف های پی تنیده استفاده شده که باعث می شود ارتفاع سقف های کاذب کوتاه تر از سایر زون ها شده و فضای قابل استفاده بیشتری را در این زون ها بوجود آورد.
در ساختمان زون 2 برای پوشش سقف قوسی شکل از سقف با اسکلت Space Frame با پوشش ورق های یکپارچه استفاده شده است که کلاً به صورت زیپ به یکدیگر متصل می شوند که در عین زیبایی و سبکی از مقاومت بالایی در مقابل نیروهای وارده برخوردار است و همچنین محیط وسیعی را بدون نیاز به ستون پوشش می دهد. این تدبیر که برای پوشش Void مرکزی با ابعاد قابل توجه 24 در 40 متر به کار گرفته شده در مجموع کل سقف قوسی زون 2 را در ابعاد 24 در 100 متر پوشش می دهد.
تمامی اسکلت فولادی سازه با مواد ضد حریق پوشش داده شده تا در هنگام آتش سوزی آسیبی به اسکلت وارد نشده و تا دو ساعت مقاومت نماید.
در اجرای ساختمان به منظور اطمینان از اجرای صحیح و افزایش دقت اجرا تمامی جوشکاری ها به صورت بازدیدهای متوالی P.T (مایعات نافذ)، UT (فرا صوتی) و MT (مغناطیسی) و XRAY (ایکس ری) مورد کنترل و تأیید قرار گرفته است. در مجموع کنترل ها در دو مرحله هنگام ساخت در کارخانه و هنگام نصب در محل پروژه انجام شده است. ضمناً میلگردهای وارده به کارگاه نیز مرتباً مورد آزمایش قرارگرفته است.
به منظور اطمینان از کیفیت بتن مصرفی، کلیه بتن مصرفی پروژه در محل پروژه با نظارت و طراحی کارشناسان تولید شده و آزمایشگاه بتن مستقر در کارگاه بطور شبانه روزی از کلیه بتن ریزی ها نمونه برداری کرده و فقط بتن مورد تأیید مهندسان ناظر و آزمایشگاه بتن مورد استفاده قرار گرفته است.